Ved renoveringen af kirken i 1892-94 fik den et nyt alter. Det gamle alterbillede med opstandelsen af maleren H. Eddelien, givet til kirken af Kristian d. 8, er bevaret og hænger i sakristiet.
Joakim Skovgaard fik til opgave at udforme det nye alter, hvor der skulle tages højde for glasmosaikkerne, som netop ved renoveringen igen blev synlige.
Alteret er forgyldt og rigt udskåret i romansk stil. Over bordet ser man de tolv apostle i rækkefølge, seks på hver side af Kristus, som sidder på en trone og velsigner med højre hånd. I venstre hånd holder han en opslået bog med de græske tegn alfa og omega (begyndelsen og enden).
Ovenover hænger et romansk krucifiks, omgivet af en strålekrans med indskriften INRI (Jesus af Nazaret Jødernes Konge).
På alterets forside ses symbolerne for de 4 evangelister, englen, løven, oksen og ørnene samt Kristus i midten, her symboliseret ved lammet, hvis blod flyder ned i kalken, som forkyndelse af Kristus, der blev slagtet for vores skyld.
Det formodes ud fra bevarede optegnelser over kirkens årlige indtægter, at der har været mindst 4 sidealtre i Sct. Nicolai kirke. Men kun Sct. Gertruds alter og Sct. Brigittas alter kan man med sikkerhed placere i dag: Sct. Gertruds alter lå mod nord og Sct. Birgittas mod syd, alterbordet i søndre apsis er rekonstrueret og kan ses i dag.
Den hellige Gertrud levede omkring midten af 600-tallet og grundlagde som abbedisse et hospital for pilgrimme og missionærer i Nivelles i Belgien. Hun fik en særlig betydning som beskytter af de syge, fattige og fremmede.
Den hellige Birgitta fra Vadstena (1303-73) grundlagde en klosterorden og var den vigtigste af de nordiske kvindelige helgeninder. Hun blev helgenkåret i 1391, og hendes orden bredte sig hastigt over hele Nordeuropa.
Prædikestolen har malet datering: 2. april 1585. Dog er lydhimmel og underbaldakin fra 1894, tegnet af arkitekt H.B. Storck. Prædikestolen er opsat i nordsiden ved overgangen mellem skib og kor med opgang langs korets nordvæg.
Prædikestolen er ottekantet med fire fag mod kirkerummet, hvor de fire evangelister er afbildet. Fra venstre: Matthæus, Markus, Lukas og Johannes; alle vist stående med hver deres symbol ved fødderne.
Felterne derunder har latinsk indskrift: “Dette arbejde er færdiggjort i Frederiks II´s regeringstid i året 1585 den anden dag i april”. På lydhimlen er skrevet på latin: “Ordet er dig nær, i din mund og i dit hjerte” (Romerbrevet 10,8).
I den midterste korrude ses den opstandne Kristus med sejrsfanen, mens englene nedenunder står ved den tomme grav.
I de to sideruder ser vi kirkens helgen Sct. Nicolai. Til højre holder han, som søfolkenes helgen, et skib beskyttende i sine hænder, mens han i det venstre skærmer en af de skoledrenge, han også er helgen for.
I de omgivende småfelter ser vi scener fra Jesu liv. Til højre igen motiver fra søen: Peters fiskedræt, Jesus finder sine første disciple blandt fiskerne, Jesus går på søen. Til venstre ses Jesu helbredelse af spedalske og blinde og velsignelsen af børnene.
Rummer en fremstilling af Jesu dåb. Motivvalget refererer til, at døbefonten efter restaureringen i 1892-1894 stod på dette sted, indtil den i 1915 blev flyttet til koret (i 1922 blev den atter flyttet; nu til midtergangen neden for opgangen til koret).
Er placeret lige over det middelalderlige Birgitte-alter, og er en fremstilling af Den Hellige Birgitta, knælende ved en bedepult.
Viser hyrden og lammet (dette adskiller sig fra kirkens øvrige glasmalerier, da det var svært at skaffe glas i 1945-46; det forbedredes dog ved istandsættelsen ca. 30 år senere).
Viser Moses med lovens tavler (det er lavet i 1946, og var også skæmmet af, at det blev lavet af de sidste rester af glas, som kunstneren Kræsten Iversen havde; han nåede desværre ikke at lave den om før sin død).
Senromansk døbefont af gotlandsk kalksten. Døbefonten er ca. 118 cm høj og kummen er 55 cm i diameter. En såkaldt Paradisfont, der er smykket med rundbuede tungeformede felter. Foden er firesidet med afrettede hjørner. I 1500-tallet stod fonten i våbenhuset, i 1700-tallet blev den flyttet til søndre sideskibs sydvesthjørne, og i 1810 kom den til at stå i koret.
Ved restaureringen i 1892-94 blev den opstillet foran nordre sideskibs apsis. I 1922 fik døbefonten sin nuværende placering i tværgangen foran koret tæt ved prædikestolen.
Døbefonten menes at være kirkens ældste inventar.
Oprindeligt var døbefonten ikke forsynet med fad. Men fra de ældste beskrivelser fremgår det, at der var et fad fra omkring 1550. Dette findes ikke længere. I 1724 skænkede Helle Trolle et dåbsfad til kirken.
Et sengotisk krucifiks er ophængt i korbuen. Det har formodentlig oprindeligt været placeret i koret, men er blevet flyttet – måske i forbindelse med opsætningen af prædikestolen i 1589. Senere blev det taget ned og lå på loftet; men ved restaureringen i 1894 blev det igen fundet frem og fik sin nuværende placering.
Den nuværende staffering er udført af dekorationsmaler H. F. Svendsen i 1894. Selve korstræet står umalet, mens endefelterne har de 4 evangeliesymboler. På korbuebjælken er to skriftsteder: Hebr. 9,11-12: “Da Christus kom som en ypperstepræst, gik han hverken ved blod af bukke eller kalve men ved sit eget blod engang ind i helligdommen og vandt en evig forløsning”.
Og 1. Peters brev 1,18-19: “Ikke med forkrænkelige ting, sølv eller guld er I forløst fra eders tomme liv, men med Christi dyrebare blod som et ustraffeligt og lydeløst lams”.
Kirkeskibet, der hænger midt over kirkegangen, er et af de mest synlige tegn på, at Sct. Nicolai kirke er en søfartskirke. Det blev givet til kirken af 37 skippere og styrmænd fra sognet og blev under stor festivitas overrakt til kirken d. 7. juni 1845.
Kirkeskibet er en fuldrigget fregat med 17 kanoner i hver side fordelt på to dæk. På agterkant af mærsene står på fokkemasten ”Gud, Konge”, på stormasten ”og Fædreland”.
I skibets skrog findes liste med navnene på de 37 givere. Skibets længde er ca. 100 cm, og højden er 115 cm og har faldereb i begge sider. Over agterenden hænger en lejder. kilde: Henning Thalund, Svendborg, forfatter til bogen om danske kirkeskibe.
Orgelpulpituret blev opbygget som en tværgående bro i bueåbningen mellem skib og tårnrum. Orgelhusene blev udført i eg og er på forsiden præget med guldstafferinger på rammestykkerne. Efter en udvidelse i 2016 har orglet 44 stemmer (ialt 2.672 klingende piber) fordelt på 4 manualer og pedal.
Orglet
Inde i det store orgelhus er der på en fyldning i sydsiden malet en fortegnelse over nogle af de organister, der gennem tiden har virket ved Sct. Nicolai Kirke.
Kirkens skytshelgen staves her med j – i lighed med overskriften på den præstetavle, der hænger i våbenhuset. Det anførte “+’”efter et årstal angiver, at musikeren er død i embedet.
– citater fra Sct. Nicolai Sogns Kirkeblad nr. 2, 79.årg., 2014
“Fra min forgænger Bendt Gammeltoft-Hansen arvede jeg i år 2002 en “sag”: “Der har ikke været gjort noget ved orglet siden 1967!”.
Men nu er det ganske vist! – Orglet skal renoveres og udvides, så det kan imødekomme alle de krav, der stilles til et orgel i det 21. århundrede. Så: Tillykke til Sydfyn! med et projekt, der vil være til glæde og gavn for den til alle tider tilstedeværende menighed i Sct.Nicolai Sogn, og for Svendborg og omegns kirkemusikelskere, samt til de mange kirkemusikere, der vil nyde godt af denne opdatering af kirkens instrument par excellence. Og ja endelig: Altsammen til Guds Ære!”
– Organist Tore Bjørn Larsen
“Orglet er stilistisk et såkaldt orgelbevægelsesorgel, med klanglig inspiration hentet fra orglerne bygget i den tidlige barokperiode. Instrumentet er efter 44 års spil blevet noget slidt i det mekaniske anlæg. Ved disponeringen af crescendoværket er der hentet inspiration i tilsvarende crescendoværker fra orgelbevægelsesorgler bygget i 1960’erne og først i 1970’erne.”
– Orgelkonsulent Michael J.Thomsen
“… således at det nye crescendoværk næsten svæver i rummet. Vi har ved arbejdet med udformningen tilstræbt, at det nye værk skal have en egen, afsluttet form samtidig med, at det hænger sammen med det eksisterende orgel.”
– Arkitekt m.a.a. Steffen Pedersen, Havsteen-Mikkelsens Tegnestue
“… og der skabes en afstemt balance mellem henholdsvis våbenhus, skib og orgel.”
– Kgl. bygningsinspektør Hans Toksvig Larsen
“… og med den indbyggede alsidighed, der præger såvel liturgisk som koncerterende orgelspil i vore dage, hersker der forståeligt nok en forventning om, at et bykirkeorgel af betydelig størrelse kan honorere en mangfoldighed af krav.”
– Kirkeministeriets orgelkonsulent for Vestdanmark Torben Krebs
“Arkitektonisk synes udvidelsen at harmonere fint …”
– Kunsthistoriker mag.art. Sissel F. Plathe, Nationalmuseet
I kirken er der igennem tiderne begravet en del personer. Svendborg rådsaristokrati var fyldigt repræsenteret. Tre gravminder erindrer endnu om disse personer:
1. På altervæggens sydside er indsat en mindesten over Rådmand Poul Rasmussen Boesen, der døde i 1678 i en alder af 68 år. Han mindes i gravskriften sammen med sine to hustruer Kirsten Jørgensdatter († 1660), og Bodil Madsdatter (Friis) (†1726). Skriftfeltet med store smukke reliefversaler udfylder det meste af stenen og levner kun plads i hjørnerne til medaljoner med de fire evangelister.
2. På altervæggens nordside er indsat en mindesten over rådmand og byfoged Jørgen Borring (†1742), og hustruen Catharine Weigner († 1773). Med sit dominerende ovale skriftfeldt og de fire evangelistmedaljoner danner den en harmonisk pendant til den foregående.
3. Det tredje gravminde, som i ældre tid var indmuret i søndre sideskibs vestende, men som i dag befinder sig i våbenhuset, er skrifttavlen over endnu en kommunal embedsmand, kontrollør Georg Henrik Nissen († 1756) og hans hustru Anna Dorthe Schröder.
I våbenhuset hænger på væggen det monumentale epitafium over sognepræsten i Landet og Bregninge kirke på Tåsinge, den lærde antikvar Peder Lucoppidan og hans blomstrende familie; 14 personer i alt. Det er signeret november 1696 af Odensemaleren Thomas Jacobsen Westenholtz og er forsynet med en påskrift, der fortæller, at billedet var en gave fra afdøde sognepræst i Landet, Christian Morsing, og hans efterladte hustru, Johanne, der døde i Svendborg den 2. januar 1776.
Denne oplysning har forvirret senere forfattere, heriblandt Joachim Begtrup og H.C. Andersen, der begge fejlagtigt identificerede de portrætterede som pastor Morsing og hans familie. H.C. Andersen blev, på et sommerophold i byen i august 1836, fascineret af maleriets personkreds. For ham skilte en af de forreste mindre drenge sig ud som den ”mindst kønne”, og sigende nok udnyttede han dette tema om outsideren i sin nøgleroman “Kun en Spillemand”, hvor digterens alter ego, Christian, genfandt sine egne træk i den lille dreng med rosen.
Arkitekt H.B. Storck tegnede i 1894 nye bænke til kirkens skib. De er udført i pommersk fyr, og endestykkerne afsluttes foroven af en ottekantet medaljon med roset eller korsmotiv. Der er 12 rækker bænke i hver side af kirken, og ligeledes har der været bænke opstillet i sideskibene med front mod midterskibet. Disse er senere fjernet og erstattet af løse stole.
I 1960 kom der hynder på bænkene. Storck tegnede også korbænke, der blev opstillet langs nord- og sydvæggen i koret. Men da kirken i 1949 fik nyt varmeanlæg, hvorved der blev opsat to lange radiatorer langs nord- og sydvæggen, gav det anledning til anskaffelse af nye korbænke, som således også skulle tjene til at skjule de nye radiatorer.
Det blev snedkermester Hans Dau fra Ribe, der fik opgaven. De to nye bænke blev opstillet i 1953 og blev givet til kirken af Knud Jølver.
Begejstringen for de nye bænke var stor, og kirken fik nye løse stole til koret. I årene derefter kom en præstestol og to brudestole med broderede sæder til. Det hele er lavet af Hans Dau og betalt af Knud Jølver.